VESTA
VESTAは結晶構造、及び電子・核密度等の三次元可視化プログラムです。 以下のサイトに詳細な説明があります。
http://www.geocities.jp/kmo_mma/crystal/jp/vesta.html
上記のサイトのダウンロードページから、アプリケーションを ダウンロードしてインストール、その後、以下のサンプル ファイルをダウンロードして開いてみて下さい。